1. 最简单的生命
所谓的单细胞其实是令人难以想象的复杂，有数千种不同的蛋白质，这是由几千个原子所组成的庞大分子。每种蛋白质各自依其特定的形状，行使特定的功能，而这形状并不取决于内部氨基酸的自然反应定律。这些分子好比工具，正如铁的本质并不能决定螺丝起子、铁锤、扳手等等的形状。新陈代谢和繁殖过程需要许多由这些复杂的蛋白质来执行的过程，如果少了其中一种蛋白质，整个细胞将无法存活或繁殖。连最简单的系统，都得极其复杂才可能幸存，是什么在一开始把起初的系统凑在一起的？
2. 复杂的系统
这样的例子不胜枚举。
在一株植物或一只动物里，有许多有机体形成不同的系统，这些系统必须整合才能生存或繁殖。一条毒蛇的毒腺、液囊、腺管、中空的毒牙和主控的肌肉、神经，是如何整合起来的？蜘蛛怎么会有丝腺而又怎么学会用它？蚊子如何发展出叮吮？蝴蝶如何发展出变态过程？许多昆虫都有类似甚至更复杂的过程。啄木鸟如何得到长舌、利喙、和受保护的脑以便在树上打洞捕虫？是什么造出我们视觉系统、听觉系统的各部份？ 我们的身体如何发展出愈合的能力、抵抗疾病的能力？我们怎会长大成人呢？这些过程是如此寻常，我们视之为理所当然，但研究却告诉我们这些过程是非常复杂的。植物的光合作用也是如此。
3. 进化论
这些令人惊讶的复杂系统必须有一个解释，一个起源。是过去发生的一些事件产生这些系统，这些事件或许有精心设计或许没有。这段讨论的结论是，精心设计是唯一合理的解释。但任何人都知道，现在的科学界几乎全部都否定这解释，反而提出进化论当解释。所以于此，我们必须讨论进化论。
我们得先加以定义。有一个定义说，生物任何微小的变化都可被称为「进化」，更精确地说是「微进化」。另一定义则相信：所有生物都是自然演进而来，是时间加上机率，不涉及超自然力或精心设计，且只不断由简而繁地传承及发展。这些自然演化过程指的是物理的交互作用和化学反应。突变、自然淘汰、环境变化及其它因素逐渐衍生出复杂的生物，包括你我。我们是三、四十亿年前早期地球上泥巴的直系子孙。此即所谓的「广进化论」。
这理论由达尔文在 1859 年出版的「物种原始」一书中推广，遗传(或基因)定律当时已被孟德尔发现，但尚未广为流传。现代的进化论(包括了遗传学和分子生物学)被称为「新达尔文主义」。 难以计数的教科书及电视节目讲述假想的进化过程，还附带通过验证的确实性，所讲述的故事如下：
地球初期的大气层是由氨、甲烷、二氧化碳组成的。有机分子是在大气层、海里和(或)海边，经由种种反应、辅以闪电及紫外线辐射而成的。这些分子随意地结合，产生氨基酸，再随意结合成较大的分子，直到一个分子大到足以自我繁殖。这故事的第一单元叫做「分子进化」，这单元不牵涉基因或自然淘汰。
这些自我繁殖的分子越来越多，且结合成越来越大的单位，变成滤过性病毒及简单的细胞。有些细胞发展出光合作用，利用太阳能来生长。另有一些细胞则吞噬这些细胞。简单的细胞结合成为简单的有机物，在这些有机物中，有些则渐趋复杂。某些变成植物、某些变成动物。最复杂的进展为两性生殖。有些动植物变得能够在海边的涨、退潮地带生存，然后，有些变得能够脱离海洋而在旱地生活，从此布满地面。时光流逝，有些植物衍成采用花朵及花粉来繁殖，有些动物衍出硬骨胳，有硬骨胳在内的(脊椎动物)，有硬骨胳在外的。鱼类是早期的脊椎动物，有些鱼类进化成两栖类，长成后可生活在旱地。有些两栖类进化成爬虫类，可终生在旱地生活。许多无脊椎动物也变得可以在地上生活。有些爬虫类变成鸟类，有翅膀和羽毛，另一些则变成哺乳类，其中最进化且最高等的就是你我。
许多杰出的科学家穷毕生之力研究生物，并撰写、演说为什么他们相信进化论，诸如：Theodosius Dobzhansky, George Gaylord Simpson, Ernst Mayr, Peter Medawar, Stephen Jay Gould, Niles Eldredge 等等。 这些科学家几乎都是非基督徒，他们认为进化论是个重要的证据，证明了没有上帝，或说，就算有，与我们的生命亦毫不相关。
他们写了好些书，特地想要证明进化论、推翻创造论。 Stephen Gould 写了许多，其它的著述计有：
* Abusing Science: The Case Against Creationism, Philip Kitcher. Cambridge, Massachusetts: MIT press, 1982.
* Science on Trial: The Case for Evolution, Douglas Futuyma. New York: Pantheon, 1983.
* The Blind Watchmaker: Why the evidence of evolution reveals a universe without design, Richard Dawkins. New York: W. W. Norton, 1987.
4. 进化论者举出一大串证据来支持进化论：
a. 不同物种的相似性
被认为是出自同一祖先的证据。
b. 退化器官
是一种特定的相似性。有些动物拥有看似无用的器官，这些器官却和其它动物身上的有用器官相似。这被拿来证明这些动物有共同的祖先，这器官在祖先身上原是有用的。
c. 胚胎学
是另一种相似性。胚胎的发育曾被视为进化史的重演，但这说法已被证明是不可能的。
d. 突变和自然淘汰
在实验室和大自然中不知被实验过多少次。遗传学的研究十分进步，探究的理论有族群遗传学、基因流变、重组、适应性及变异性。
e. 有许多案例被视为范例。
当工业革命带来较阴暗的环境时，欧洲的飞蛾颜色转深，使之较不易被看见。 近年来因污染减轻，它们的色泽又变淡了。 南美附近Galapagos 群岛上的达尔文鷽，在达尔文的思想上造成了主要的影响力。岛上有许多种鷽，各有不同的喙以适应不同的食物，它们必同出于那几只多年前被吹来岛上的祖先。细菌和病毒突变后，足以击溃动植物的免疫系统，这些免疫系统突变后，又对新的细菌和病毒产生免疫性。品种改良者利用混合杂交，培养出抗菌力更佳的植物品种。经由突变，昆虫增强了对杀虫剂的抵抗力，而细菌、病毒增强了对抗生素的抵抗力。
f. 生物的地理分布，
显示了不同种类的生物各自在不同地区发展。
g. 化石
被某些人认为是最重要的进化证据，是确曾发生的真实记录。从目前出土的化石看来，世界各地所有的化石几乎都按同一个顺序排列在地层里，且呈现由简而繁的顺序。
h. 生命起源的实验
显示了在甲烷、氨、二氧化碳的混合物中有电子火花及紫外线，而水蒸气产生出氨基酸和其它有机化合物，因此，同样的反应可能在远古的地球上已发生过。
i. 太空中的有机分子
在气体及层云中，这已藉电波望远镜侦测出。
j. 哲学辩证
除了这些事实的争议，进化论者还采取哲学辩证： 创造(或任何自然事件中的智能介入)是无法加以证明或实验的，是研究的障碍，是属于宗教的、超自然的、神迹的、非科学的。进化论已是有成果的理论，一个多世纪以来，导引出许多良好的研究，为生物学建立了架构，否则生物学至今可能还是杂乱无章。
5. 基督徒的响应
基督徒响应进化论的办法有两种。有些人深信进化论如果成立，就否定了上帝的存在，因而设法推翻进化论。其它的基督徒认为这不成问题：如果进化论是真的，那么，这就是上帝创造万物的方法，此即所谓「有神论者的进化论」。我不承认科学证据支持进化论，我也不认为进化论符合圣经中关创造的一些细节。每当有人将进化论视为与圣经有所冲突，且问及我的想法时，我会举出理由说明为何我认为进化论在科学上是无法接受的，这些理由即将讨论于后。
基督徒已经写了好多好多书来反对进化论，这些书大多乏善可陈，与事实不符且推理不当。有一个大问题是，他们大多把进化论和大爆炸做了错误的联想，因此，企图一举推翻。兹列举其中少数较佳者：
* Evolution: Nature and Scripture in Conflict? by Pattle P. T.Pun. Grand Rapids: Zondervan, 1982. 这本书也有中文版。
* The Mystery of Life's Origin: Reassessing Current Theories, by Charles B. Thaxton, Walter L. Bradley, Roger L. Olsen. New York: Philosophical Library, 1984. 此书特别论及生命起源。 作者都是基督徒科学家，但一直到附录才提及宗教。
* Of Pandas and People: The Central Question of Biological Origins, Percival Davis and Dean Kenyon; Charles Thaxton, Academic Editor. Dallas, Texas: Haughton Publishing Company, 1989.
* Darwin on Trial, Phillip E. Johnson. Washington, DC: Regnery Gateway, 1991.
6. 别人的批评
有少数非基督徒也著书指出新达尔文主义的缺失：
* The Neck of the Giraffe, Francis Hitching. New American Library, 1982.
* Evolution: A Theory in Crisis, Michael Denton. Bethesda, Maryland: Adler & Adler, 1985.
* Origins: A Skeptic's Guide to the Creation of Life on Earth, Robert Shapiro. Bantam, 1986.
* Information Theory and Molecular Biology, Hubert P. Yockey. New York: Cambridge University Press, 1992.
这些作者也没有接受创造论，但他们要其它的科学家承认：进化论并不足以解释生物的起源。
7. 争辩进化论的「证据」
在争辩进化论时，我们得从哲学辩证着手。如同早先在本课程中讨论过的，这些也是「科学至上」的想法。生物学的专家不是关于这些前提的专家，我们有资格反对他们的意见，也可以选择不同的意见。 生物是否出于精心设计，这并不是宗教问题，而是历史问题，它只是简单地问到底发生过什么事。唯一和宗教有关的问题是「这位设计者是某一宗教的神还是好几个宗教所共有的神」，这却不是不准人去问历史问题的理由。相信「有一位设计者」是研究出来的结论，也是着手去进行更多研究的动机，它并非不再进一步去研究的理由。
进化论者埋怨没有任何实验可以证明或推翻创造论，但是，他们说得出哪项实验能证明或推翻进化论吗？事实上，我们可能在研究某物之后，下结论说它绝不像是未经设计的。我们周遭许多东西显然是某人有意设计出来的：桌子、椅子、灯、汽车、表、计算机、书本、黑板上的字、海报等等，如果有人硬要我们解释这一切东西都只依照自然法则，而未经创作，他就是疯了。设计不是神迹，我们自己就经常创作。
若有一位生物的设计者，这本身不是超自然的，而是超乎常人的。这才是真正令人不能接受的问题。人不相信创造者并不是因为不能确信，而是不愿相信。 我们自己也是生物之一，因此不可能用客观、科学的态度来看这问题。
进化论曾当作很多很有趣的研究的动机，但是也常常造成了障碍和误导。比方说，它令人过分看重种类间的竞争，而很慢才注意到在很多方面也有合作。它令人推出胚胎学上的错误的解释。古生物学家感觉到有压力要在化石当中找到逐渐演变的证据。
我们既已讨论了经常被拿来支持进化论、反对创造论的哲学论证，现在，可以来讨论证据了。
a. 相似性
由相似性而来的论证隐含了三个假设：
1. 我们知道进化过程的结果、
2. 我们也知设计的结果、而且
3. 我们眼见之物符合进化论而不符合设计论。
但我们并不知道前两个假设，因此不能根据这个判断哪个比哪个更符合。如果生物令人咋舌的复杂性不是设计的证据，那么，什么才是？为什么造物者不会采用许多相似性来造物？我们是这样创作东西的。 连进化论者本身也不确定相似性总是证明共有一祖先。好些看来很像的动植物显然不太有关联，这叫做趋同现象或拟态。外形和颜色相似，机能(例如能飞能游)也相似，拟态事实上很难用进化论来解释。 有些很类似的有机体必定相关联，然而这却不证明较不类似者必定有较远的关系。若说微进化论证明广进化论，那是过份地延伸 (extrapolation)。微进化论是个观察而得的事实，问题是它的极限在哪，这是个可资研究的题目。
有许多分歧性不符合进化理论。 Michael Denton ﹙著述列于前引书目﹚是个分子生物学家，他说在分子生物学的领域，找到生物之间有许多分歧性是进化论所不能解释的。
就推论说，有一些专家说别的专家没有很准确地或完整地报告事实，那我们也可以推论说这种逻辑说服不了人。
b. 退化器官
退化器官未必无用。好些曾被认为无用的器官，后来却被发现具有重要功能：例如扁桃腺、盲肠、尾椎。即使退化器官是没用的，那这是退化而不是进化。
e. 案例
有些例子甚至无关乎微进化。欧洲飞蛾原来就有好几种不同的颜色，环境的变化影响了飞蛾颜色的比例，同样的，原来只有少数的细菌对抗生素具免疫力，也只有少数的昆虫对杀虫剂有免疫力。即使有新突变，也只调整了化学上的一个细节，并非发生足以形成新品种的根本变化。科学家研究了数千代果蝇，也看到了数百万种突变，然而，果蝇还是果蝇。
f. 地理分布
生物的地理分布，在不同动植物起初生存的时间、空间方面，是引发了一些饶有兴味的问题，但这并没有证实广进化的理论。
g. 化石
化石是个大题目。化石是相似性的证据，我们已经讨论过相似性。有机体日趋繁复这一现象，并不会让相信一位有条理的造物主的人感到讶异。化石不能证实某物种果真承袭自另一物种。在化石的相似性上还有许多明显的空隙，在现有最类似的物种之间，看得出显著的差异。达尔文说过，那是因为化石研究得还不够，但在一百三十多年后的今天，不能再说不够了，然而空隙还是没有填补起来。
化石只记录了假想演化过程的最后那四分之一，也就是二十亿年中的最后五亿年。演化过程中最初的四分之三，除了疑似单细胞植物化石外，几乎没有任何记录。进化论者理所当然的解释是：当时没有坚硬的部份来形成好化石。这是合理的解释，实际上却告诉我们：演化过程最初的四分之三是个假设，并不是以证据为基础的。
进化论者说，有些属于过渡期的的物种，例如那些既像爬虫类又像哺乳类的化石。但是，从一个物种到另一个物种，有多大的变化呢？比方说，从爬虫类的每耳一骨、每颚五骨，变成哺乳类的每耳三骨、每颚一骨，怎可能有个渐进的过程将一片颚骨移到耳朵？怎可能由一个偶然的、未经设计的过程来达成任务？哺乳类的耳朵是非常复杂的，事实上，这是精心设计的铁证之一。
有好多年，始祖鸟化石被认为是介于爬虫类和鸟类的过渡物种，但它已拥有发展成型的羽毛，还具有别的和鸟类相像的特征。近年来，地质学家找到了像鸟类的完整化石，其年代比始祖鸟化石更早，所以始祖鸟不再被当成连接爬虫类和鸟类的环节。最近甚至有人认为始祖鸟可能是个恶作剧或是个骗局。
h,i. 生命起源的实验、太空中的有机分子
生命起源的实验和太空中的有机分子对进化论并没有帮助。这都是简单的分子，根据简单反应定律相当自然地排列而成，连最简单的生物所拥有的庞大分子都要来得复杂得多。就好比找了些小孩玩的字母方块，然后宣称这能解释字典或莎士比亚剧本的起源。在实验中，有机化合物很快就得从实验中抽出来，因为它们很容易在制造过程中遭破坏。然而，在早年的地球上，可没有人类实验者来操纵实验。并且，地质学家尚未能从岩石上找到早年大气含氨和甲烷的证据，所以也许从来没有这样的状况。Thaxton 的书里详细讨论了生命起源的实验。
有些研究计划企图在试管中制造生命。假如他们办到了，是否就推翻了圣经所说生命是由神创造的？不，这将肯定圣经所说生命只能经由精心设计而来。如果我们说这证明了生命可以不经智能而来，那是侮辱了从事这些实验的科学家！如果实验成功，他们也只能制造出很简单的滤过性病毒之类的东西，而且是从现有的病毒复制而来的。这远比任何动植物都简单得多。
8. 还有些进化论没回答的问题
关于进化论的专家讲完之后，我们还有许多问题没有得到解答：
a. 他们假设没有创造者，为何如此假设？
b. 他们还没能成功地解释起初最简单的生命起源。
c. 他们也没能解释那除非完整否则无用的庞大又复杂的系统之产生。
一个渐进的过程怎么可能制造出这样复杂的系统？甚至于用想象的，这种过程有可能吗？ 纵然我们可以想象这样的结果是经由渐进的过程得来的，又是什么使得这过程持续不断？若某一系统只进化一半，该动物就无法幸存，自然淘汰会判它出局。是什么使得爬虫身上的鳞片不断改变、最后变成鸟身上的羽毛？是什么使得爬虫身上的脚一直变、最后变成翅膀？如果非脚非翅，就是无用的，是不适合生存的。若无精心设计者，这过程何能持续？不但飞鸟的起源难以解释，蝙蝠及其它许多会飞的昆虫之起源也都很难解释。
有些进化论者承认这不可能是慢慢转变而成的，也缺乏化石的证据，因此假设一种剧烈的突变。比方说，第一只鸟是从一枚爬虫卵孵化出来的。这种事件的机率似乎是低到没有希望，然而，就算果真如此，它去哪找配偶？
9. 结论
总而言之，进化理论根本不是已被证实的事实。进化论者不能解释进化过程是怎么开始的，不能确切地讲出我们眼见的生物经由什么过程演化而来的，不能说明是什么促使进化发生，也不能证实进化的确发生过。 这是一个「面对专家」的例子，就像上面在「科学和信仰之间的冲突」那段所讨论的。
虽然我们不是生物学和地质学的专家，我们还是能够考虑专家的哲学前提和逻辑。结果推论说有一些弱点，因为事实上有些理由，令我们怀疑专家们对他们专长范围的事实没提供完全客观的资料。所以我们没有被说服，说进化论是足以当作所有生命起源的解释，我们有好的理由宁可接受另外一个解释。
科学没有给我们任何理由去怀疑圣经所说的神创造生物。事实上，科学的进展给了我们许多理由去断言：宇宙及生物必有一位智能超绝的创造者。
假如这是真的，那么，去知道谁是这位创造者，以及祂为何创造包括了你我的这一切，对我们而言就很重要了，而科学是没办法回答这些问题的。是基督徒相信的圣经说它有答案。