Ⅰ.各种宗教与科学的关系
一. 「无神论／人文主义／唯物论」者他们否认任何超自然的事，并且相信利用自然定律，科学可以解释每一件事。唯物论者必须相信物质性的宇宙是仅有的存在，所以它必须是永恒的，没有起始或原因。他们必须相信宇宙碰巧具有一致性，而且是我们可以理解的，或者至少相信所有我们观察到的都是这个样子。他们没有理由说宇宙为什么应该是这个样子。科学就是他们的宗教信仰。很多现代的人，认为科学是一场与所有的宗教，尤其是基督教，的战争。
宇宙、生物和圣经的起源，我们将在以后的课程中详细地讨论。无神论者没有办法去解释这些事情，只好说这一切都是偶然发生的。
无神论者常会说「基督徒选择的是相信一个永恒不变的上帝，但是我们所选择的是相信一个永恒不变的宇宙」。他们这样说就是承认他们的意见是一种选择，一种哲学上、宗教上的选择。基督教信仰是基于圣经的教导，我们之所以相信圣经是因为有很多理由，这稍后会讨论。不只是个人可以做选择，看喜欢信什么或认为什么是可信的。基督教的教义是比较单纯的，而且能解释较多的现象。
二. 「不可知论」者他们有时也采取跟无神论者相同的看法，或者至少他们坚持宗教是完全与科学无关的。如果一个不可知论者说：「我不知道是否有一位上帝。」我们能讨论出许多的理由来相信圣经中的上帝。如果我们选择无神论的想法、观点，许多问题将没有办法回答。如果这个不可知论者说：「我知道你们不知道有没有神。」我们只能反问他如何知道我们不知道。
三. 「泛神论」和「万物有灵论」者他们怀疑科学是无往不利的，因为他们没有理由去预期大自然会有一致性或可理解性。他们只能惊讶地看这两个假设应验得这么好。事实上，印度教和佛教宣称自然宇宙是不真实的，它不过是我们的幻觉和梦臆、不重要的。这似乎是反科学的，我们可以替他们做的最好的解释就是说，泛神论和万物有灵论与科学没有关联。
四. 「自然神论」者他们借用一个基督教的观念：自然界是被创造的，所以它是可以研究的。但是他们不能解释圣经或基督徒的经验。
五. 「一神论」所以只剩下这个可以做最广的解释。我们将会讨论相信圣经的许多证据，没有其他的宗教(包括回教)有这种证据。
「基督徒」对于圣经的看法和解释，有时与一些科学家对于自然与历史的唯物论／人文主义的看法和解释相冲突，但这并不意味著圣经与科学之间有的冲突。
基督徒相信圣经是神说的，而大自然是神造的。因此，我们认为圣经和大自然不可能有冲突。神学是我们对圣经的注释，科学是我们对自然界的注释。
神学和科学之间会有冲突，常常被误解是表示圣经和自然界的事实之间有冲突。其实这所表示的是我们一定误解了其中之一，甚至两者都被误解了。不是我们的神学出了差错，就是我们的科学有问题。
当一种解释被发现是错误时，很多先前的冲突就已经被化解。举例来说：以前的基督徒认为圣经说地表是平的，且是宇宙的中心。在历史的解释方面，许多反对圣经的看法已经被证明是错误的。我认为生物学中进化论的解释是错的，这点后面会讨论。
Ⅱ. 圣经能提供科学两个基本假设的根据
(见 Del Ratzsch所著之书第八章)圣经上说神创造整个自然宇宙：创世纪 1： 1提到「起初神创造天地」，所以万物是「真实」存在的，不只是个幻觉，圣经里的神做事很有条理，所以他所创造的东西应该是具「一致性」的。
在圣经创世记 1:26,27提到，上帝「照他的形像」创造人类，这就是说我们可以和他有关系，思想会和他相似。所以我们预期他所创造出来的东西应该是我们「可以理解」的。
最后，圣经给了我们一个「理由」，实际上是一个任务：去研究科学。在创世记 1:28，上帝告诉那两个他所创造的人(亚当、夏娃)：要生养众多，统治这地，管理有生命的东西。圣经中很多地方告诉我们要帮助生并受苦的人，这些都需要我们了解自然界才做得到。
圣经用自然界的许多现象告诉我们有关上帝的伟大、智慧和爱(诗篇 8； 19:1-6；约伯记 38－ 41章；罗马书 1:18-20等)。了解自然界能帮助我们了解上帝。
圣经和科学的假设没有冲突，它是那两个科学假设的根据，而且在世界上的宗教和哲学当中它是唯一能做科学假设的根据。十六、十七世纪的欧洲是历史上第一个深受圣经教训的影响的社会，特别是北欧社会，但这不是说他们都是基督徒。科学从此处开始发展不是偶然的，是因为从圣经而来的观念给了他们一个科学假设的基储动机、和自由，让他们去研究科学。那些科学家不会比其他地方、其他时代的人更聪明，许多重要的科学发现是比较早的时候在其他地方发现的，但没有被发展。在 20世纪以前，西方大部份优秀的科学家都是基督徒，这通常不阻碍他们的研究，事实上，很多人感到这信仰是有帮助的，如：克卜勒、巴斯噶、牛顿、法拉第、亨利、焦耳、孟德尔、巴斯德、克尔文、马克士威……等等(Kepler, Pascal, Newton, Faraday, Henry, Joule, Mendel, Pasteur,Kelvin, Maxwell, etc.)。
Ⅲ. 专家以下的政论听来全都叫人不敢小看，持这些论调的科学家既有名又饱学，都是这方面的专家，一辈子埋头研究，我们这些外行人岂敢怀疑他们的结论？他们都是在自己研究领域里的专家。在他们的领域里，我们只能针对似乎矛盾的地方提出质询。要求他们加以澄清，也许会发现我们有所误解。但是专家也会错，有时也会自相矛盾。
但是，除了根据研究结果，他们还根据假设及逻辑思考来下结论。我们可以留心这些假设，并且就此提出问题。如果愿意，我们可以举出不同的假设。
我们可以留心这些逻辑是否正确，并在逻辑似乎有错时提出问题。在专家说完了他们所知的每件事之后，我们可以问「没有了吗？」，我们可以说「我不认为你的研究足以证实你的结论」。我们有权从头到尾再想一遍，然后说「对于你的假设和推理，我无法全盘接受」。
Ⅳ. 「科学向宗教信仰挑战」( Ratzsch，ch．7)
一. 「不合科学的」「科学」的意义是什么？它是很不容易定义的(参考前面有关科学哲学的讨论)。
就算信仰是不科学的，难道就不值得相信吗？「只有」科学是真理吗？并没有科学上的证明表示「只有科学是真理」，所以，如果这句话是真实的，那它也是一个科学原理□围之外的真理，因此，它违反它自己的要求，它是自相矛盾的。(温习前面「科学哲理」那段。)
二. 「不可证明的」「可证明」的意义是什么？很多我们相信的事物是不可证明的，如自然的一致性和朋友之间的信赖。
「只有」可证明的事才是实存的吗？没有办法证明这是真的。
三. 「没有证据支持」什么是「证据」？我们所假设的理论会影响我们对证据的解释，例如：阳光是一种核融合的证据，但一直到最近才有人这样解释。宇宙、生命和它的复杂性不就是创造的证据吗？有什么证据可证明若没有创造，宇宙还可以存在？如果圣经告诉我们一些事情，算不算是证据？如果不是，为什么呢？那些在这方面攻击宗教信仰的人，必须表明要有什么样的东西，才算是宗教信仰的证据。若没有什么是他们可接受的，那他们的思想就是封闭的。
我们如何确定证据是正确的呢？我们不断地需要「证据」去证明证据的本身。我们必须从某处开始，并注意这些结果有没有一贯性。这开始处就是我们的信仰。据此，宗教信仰可能就是这样的一个开始处，除非有证据证明所有的宗教信仰都是错的。可是有这样的证据吗？
四. 「多余的、过时的：对许多自然事物的解释，科学已经取代了宗教，像闪电、天体的运行和疾玻随著我们知识的不断增加，总有一天，科学将解释每件事，且取代所有宗教的解释。」这又是个「只有科学是真理」(科学至上)的说法。这个说法是以过去的观察为基础的，我们无法确定未来新的事实将予以证实，就像我们也不能确定研究工作将证实其他当代的理论。在过去，这样的信心常被证明是错误的，例如：二十世纪初的物理学家曾坚信古典物理学可以解释一切。
事实上，这个理论并不符合过去所有的观察。已有许多事似乎是在自然科学的领域之外，像宇宙和生命的起源、伦理学等。
Ⅴ. 一些比较特定的似乎是科学与宗教信仰之间有冲突的主题
一. 自然主义和唯物主义(科学主义)对抗：
1.有神论：「科学已经取代了上帝」又是「科学至上」。参考前面的讨论。
2.神迹：「科学定理否定神迹的存在。我们晓得神迹是不可能的，只有没有科学头脑与迷信的人才会相信神迹，科学必须假设任何事物都有一个自然定理来解释。」首先我们必须定义「神迹」：一种没有自然缘由的自然现象，包括创造、医并复活，以及神□的知识和预言，在非常「巧合」的时间及地点发生的「自然」事件。
有人常问「你如何解释某神迹？」他们想用科学来解释，这是个不合逻辑的问题。假如某事件能用科学解释，那就不叫神迹了。
圣经所谈到的神迹，大多发生在寥寥几个短暂的、关键性的时期，每个时期之间相隔好几世纪之久，所以我们不能期待神迹随时会发生。
基督徒应该对任何神迹故事存疑，大部份的神迹故事是有人搞错了。大部份真实的神迹似乎不是来自圣经中那位上帝。当我们稍早讨论其他宗教信仰时，曾指出：圣经说上帝并非唯一拥有超自然力者。
从上帝而来的神迹是有计划、有目的、能帮助人去认识他、去爱他的。约翰壹书 5:13。神迹不是要令人害怕，也不是提供一种娱乐，它并不是为突如其来的难题提供紧急措施；对上帝而言，没有什么难题是突如其来的。
相信奇迹并非就是无知或是迷信，我们需要科学知识和科学信念，奇迹对常规来说是例外的，所以假如我们不知道「例」，就认不出「例外」来。
科学研究让我们知道大自然通常是有秩序的，而且会对我们在经验中使用的道理赋予一个具规律性的反应。但那不能证明神迹从未发生过，或者除了我们人之外没有别的可以引发神迹。圣经没有说人可以引发神迹，只有说那位真神和他所创造的灵可以。关键并不在于神迹是否可能发生，而是这位神是否存在。假如上帝确实存在，那么神迹就有发生的可能了。
有些人不满地说：神创造了大自然的定律，然后自己却偶尔去违反那些定律，这实在是没有道理啊！但是如果神的计划是让我们人自己选择去爱他、信靠他、一同分享他的荣耀(以弗所书 1:12; 3:10等等)，那么这个计划就需要秩序和神迹了。我们需要一个有秩序的环境才能够生活，但有时候神迹会帮助我们去认识神、爱神、并且信靠神。
只有我们确知从来没有神迹发生，我们才可以说神迹是不可能的，即使如此，也只能证明神迹至今尚未发生过。但我们不可能知道曾经发生在这宇宙中每个地方的每件事。因此，只有当我们认为神迹是不可能的，我们才能说神迹从未发生过。这是一个逻辑圈套 (logical circle)，是错误的推理。(这种论调是英国的反基督教哲学家 David Hume两百年以前所提出来的。很惊人的是，这种想法的影响力竟然很强。)如果我们假设「绝无出乎自然定律之因果关系外的事件」，那么我们的思考力从何而来(包括上述这假设)？唯一可用自然定律的解释是：分子在我们的脑细胞中振动。但这种说法使所有的思想变得毫无意义。唯一使思想能够有意义的是：假定人性的存在是超乎自然因果律之外的。但这种说法却正是唯物主义者所不相信的。他们只能认为他们自己的思想若不是神迹就是没有意义。当我们把上帝从宇宙中拿走，宇宙就变为无意义的机器，而我们只是机器的一部份。若要为我们的存在赋予意义，我们只能把自己当做「上帝」。这是「存在主义」 (existentialism)的基本假设。大部份的唯物论者并不了解这些，也不能接受；很少人能像罗素 (Bertrand Russell)了解这些并承认它是令人震惊的。当一个哲学逻辑自相矛盾、而且不能满足我们所感受的需要，我们大可怀疑其真实性。
我们不了解思想的本质，也不明白个体和大脑之间的关系，或许这是一个和人性深奥有关的难题，是超乎我们理解力的。
当某人说「除了这物质的宇宙之外没有任何其他的东西」，他就是在声称他自己超乎宇宙之外去看宇宙之外有什么；换句话说，他声称他是神。圣经所描述的神是无限的，所以他能告诉我们什么东西存在，而且没有任何事物能超越他。我们必须选择相信宇宙是无限的或相信神是无限的。
3.自由意志：「自由意志只是一种妄想，所有的选择仅仅是自然律的因和果。」但此人宣称他「选择」相信上列陈述！那他是试著用逻辑证明逻辑不存在。请重复看上面那段有关思想的讨论。
二. 有人误用社会科学和人文学科来对抗：
1.启示：「许多宗教有典籍，被视为来自或有关超自然的、灵界的启示。其内容完全可以用该社会的历史发展和物质环境，以及作者的个性和经验来解释。例如 Durkheim所著《宗教生活的基本形式》 (The Elementary Formsof the Religious Life)( 1915年出版)。没有真正来自超自然神的启示，或许所有的宗教是来自同一超自然神界的不同真相。我们不应该说某一群人的宗教是对的，而其他人的是错的，我们必须接受以及尊敬其他人和他们的信仰。世上没有绝对的真理。」
2.皈依、宗教经验：「个人的感受与行为(包括那些与宗教信仰有关的)完全可以用心理学解释，例如佛洛依德 (Freud)的《摩西与一神论，一个错觉的未来》 (Moses and Monotheism, the Future of an Illusion)(1939年)。宗教的概念是对我们小时候父亲形像的投射，只希望试著去克服我们的恐惧、失败、挫折、试炼、空虚。我们以自己的形像创造出上帝。」
3.自由意志：「个人的选择和决定只是一种妄想，所有的思想和行为是被遗传和环境所预先决定的。例如史金纳(B.F.Skinner)的《超越自由和尊严》 (Beyond Freedom and Dignity)(1971年)。我们应该藉由控制社会来控制和改善人们。」这些学科本身并不反宗教。问题在于许多人常常相信哲学上的相对论、人道主义及多元论，所以他们想要用这些学科来攻击宗教。很多非基督徒学者都已经批评这样的论点，并清楚地指出它们的错误。前面反宗教的说法又是「科学至上」，「只有」，这回他们说的是「社会科学和人文学科至上」。他们的意思是说：「宗教只不过是一些感受和概念罢了，所以我们可以用心理学、社会学和人类学来逐一加以解释。」在前面的章节已经提过太多这样的说法。这些大部份是自相矛盾的，举例来说：「绝对」没有所谓的绝对吗？如果没有一个标准，我们怎么能说希特勒、史达林或毛泽东是错误的？或是说那些伤害人、性虐待的人是错的？难道真有人愿意相信这种说法？有一件事令我们惊恐，但却是事实，那就是：不单纳粹主义和马克思共产主义，连现代西方非基督教的「自由」社会，也都根据这些想法，希望用教育、科学、科技和政府来解决我们所有的问题。这些改善全都应该去著手，但人类的天性却不可能靠自己来改善。又一次，当我们把神从我们的生活剔除时，我们就得把我们自己当做神。
这些看法有部份是真的，我们受影响、被控制，通常都超过我们所察觉到的，但我们是完全被控制吗？我们单单只是机器吗？如果是，那 Durkheim、佛洛依德、史金纳被什么所控制？如果社会需要被控制，该由谁来控制它？谁又能说该由谁来控制呢？「改善」是什么意思呢？谁决定它是什么意思呢？谁决定由谁来决定呢？……我们的社会的确影响我们的思想及信念，但我们的思想及信念也同样影响社会。圣经上说，上帝拣选并预备犹太人，藉著这支民族，他向全世界有所启示。如果我们说社会决定我们的思想，那怎么解释圣经上为什么有许多教导是任何一个社会都难以接受的，而且圣经所描述的上帝又如此地与我们不同？的确，许多人的信仰(包括许多基督徒)有不少愿望实现和文化背景的成分，只是作梦。但这并不能证明所有的信仰都仅止于此。
「不信」也可能实现愿望，很多人希望不被超自然力管辖，这超自然力可能介入他们的愿望和计划，而他们不希望有一天被这力量奖励或处罚。作梦的不只是基督徒！
信仰能否实现我们的愿望和信仰是否真实，是两个不同的问题。如果有个信仰能完全满足我们的需要，至少强烈暗示：这是从那位完全知道我们需要的造物主而来的。如果一个信仰并不能满足我们的需求，那就证明这个信仰并不来自我们的创造者，或者他不关心我们的需求。圣经中的上帝供应我们一切的需要(但并不是一切的愿望)：爱、宽刷安全感、目标、安慰、教导。
当然，信徒的经验可以用心理学的原理及效应来加以描述，人类是有心智的动物，只有机器没有任何心智作用。但是，心理学的描述并不一定就是解释。心理学家观察一个行为模式，并为之命名，但并不意味著他们能加以解释。
人性是复杂的，超过我们所能理解的。
如果有人否认宗教，只因为信徒经历过心理的作用，那么他们是不是意味著宗教不应该有任何属于精神层面的作用？这是不可能的，若真有这样的宗教，也无法满足我们的个人需求。
许多人相信人类只不过是这无位格的 (impersonal)、无意义的宇宙的自然产物。那么为何人类觉得有必要寻求个人意义？如果人类不是被一个有位格的创造主(他造我们天生就需要他)造成的，这些需求是哪来的？即使心理学及社会学可以解释所有的宗教情感，仍无法解释圣经所载精确的历史、神迹奇事的记载、耶稣基督…等等。这些将稍后再讨论。
三. 天文学和生物学对抗创造这点容后讨论。
四. 历史对抗圣经许多人声称圣经充斥著历史错误，这点稍后再论。
基督徒不该生气地用这些反应来证明别人的错误，反而要亲切地、耐心地让他人了解：生命若没有上帝，将是寂寞而空虚的。
这些想要打败宗教信仰的说法全部都失败了，但这并不能证明宗教信仰就是真的。如果他们对宗教信仰的挑战成功，则证明宗教信仰是错误的，然而在我们得到真实的信心基础之前，我们需要正面的支持。这点待会儿将讨论。